1月30日，財政部、稅務總局公布《關于增值稅法施行后增值稅優惠政策銜接事項的公告》，其中沒有再提到生物制藥企業“適用簡易計稅方法的項目”。
小變化引發了大關注。2月26日，多家疫苗企業向健識局確認，這意味著新的增值稅法取消了生物制品的簡易計稅，生物制品的增值稅稅率將從原來的“簡易征收3%”調整為“一般計稅13%”，并可按規定抵扣進項稅額。
生物制品企業普遍將此視為利空，其中疫苗企業首當其沖。沃森生物近期在回復投資者提問時表示，采用13%稅率的一般計稅政策后，短期會導致公司實際稅負有所上升。
另有頭部疫苗企業告訴健識局，本次增值稅政策調整，將導致疫苗企業增值稅稅負顯著上升。稅率提高后，銷售環節增值稅應納稅額大幅增加，實際稅負率可能增加5%以上。
對于已運行多年且價格內卷的疫苗企業來說，5個百分點的成本壓力尤為嚴峻。為此，中國疫苗行業協會已經在征集各企業的意見和建議。
實際稅負普遍增加
增值稅是生產、銷售類企業都要繳納的稅種。顧名思義，只要經營過程中有價值“增值”，就要交稅。在實際操作中，有兩種交稅辦法。
一種是一般計稅法，大多數企業執行：采購原材料、生產設備、物流服務等取得的合規增值稅專用發票，作為進項稅額；銷售商品時按一定的稅率計算銷項稅額，如13%的銷項稅。銷項減去可抵扣的進項，就是實際要交的增值稅。還有一種“簡易辦法征收”。這種情況下就不計算進項，而在銷售商品時直接按一定稅率繳納銷項的增值稅，適用于小微企業等。
財政部和國家稅務總局（財稅〔2009〕9號）文件規定：生物制品可選擇按照簡易辦法，依照3%征收率計算。這里的“生物制品”范圍非常寬泛，具體到醫藥企業，國家稅務總局曾公開答復：凡標有“藥準字S碼”的，均屬于“生物制品”。
因此，有的醫藥上市公司就選擇了“簡易征收”的辦法，如康泰生物2024年年報中明確提到，公司及子公司民海生物都按3%簡易征收；康希諾也是3%的簡易稅率。血制品企業天壇生物、博雅生物也按3%繳納增值稅。但也有很多企業是按一般計稅模式交稅。
企業選擇簡易征收是有實際意義的。某企業財務人員告訴健識局：生物制品企業毛利率很高，普遍在70%至90%，意味著采購原料等獲得的進項稅額很少，銷項稅額會很大。如果按一般計稅方式，企業交稅額會很高。所以他們愿意按簡易征收模式，直接付3%的增值稅。
生物制品企業大多研發投入較大。上述疫苗企業人士告訴健識局：疫苗研發成本極高，研發周期通常長達8–10年。其中人工成本占比高且無法抵扣進項稅額，所以企業愿意按簡易模式交稅。
不過這一次，生物制品的“簡易征收方式”被國家取消了，讓相關企業猝不及防。
疫苗企業人士表示：全行業2009年起就適用簡易計稅，很多企業這些年投資建設的廠房、買的生產線設備、購入的無形資產等資本性投入，很多都沒有拿過增值稅專用發票。現在即使想抵扣，這些成本投入也沒有進項可以抵。
行業普遍認為，生物制品行業有很多特殊性，簡易征收在很大程度上緩解了企業的稅負壓力。這次政策突然調整，雖然針對抗癌藥、罕見病藥等還保留了簡易計稅政策，但對絕大部分疫苗、血制品、非抗癌類生物藥的生產企業來說，都是有很大影響的，也就難怪中國疫苗行業協會在組織征求意見。
稅負無法轉移給消費者 疫苗行業寒冬加劇
大眾日常消費的商品里基本都含有增值稅，是終端消費者實際承擔了稅負。但是藥品存在特殊性，最核心的問題是：疫苗、血制品等生物制品，很難把稅負向下游消費者傳導。
疫苗主要銷售對象為各級疾病預防控制中心，該類主體適用增值稅免稅政策，不具備進項抵扣需求，也就是說，疾控中心沒有任何動機接受漲價，疫苗企業為了不丟失市場份額，只能自己消化增加的稅負。血制品更是納入了集采，各地掛網嚴格控價，基本沒有漲價的余地，也就不能向下游轉嫁稅負成本。
“簡易納稅”改“一般納稅”之后，生物制品生產企業基本就只能自己承擔增加的稅負成本。
有行業人士算過這樣一筆賬，假設一支疫苗原料成本10元，出廠價100元。過去按照簡易辦法計稅，廠家只要繳3元的增值稅。現在，廠家銷項稅變為13元，但進項稅只可抵扣3-5元，實際增值稅稅負8到10元，基本就要企業自己承擔。多出來的5%-7%稅負成本，會壓垮本來就深陷價格戰的疫苗行業。
血制品企業也壓力陡增：血漿采購費是血制品企業的主要成本，但血漿都是人獻的，獻漿者收了錢又開不出增值稅發票，這一部分就沒有進項稅，企業只能自己承擔增值稅成本。
有行業人士測算，預計1-2年內，政策切換將影響血制品企業凈利潤率2-4個百分點。
而且生物制品還普遍有回款周期長的問題，短則半年到一年，長則一年半以上。過去按照簡易辦法，企業只需墊付3%的稅款，現在需墊付13%的銷項稅，現金流風險上升。
上述企業人士告訴健識局，計稅改革后疫苗行業將面臨高銷項、低進項的格局，資金占用顯著增加，稅負成本大幅上升，企業盈利空間進一步受壓，進而直接影響企業在研發創新、產能建設等領域的持續投入能力。
據第一財經報道，資深稅務專家李軍曾表示：當初給生物制品簡易計稅政策，主要是因為疫苗等生物制品關系著百姓健康，在發展初期應給予鼓勵。隨著近年來中國生物制藥行業蓬勃發展，簡易計稅的鼓勵效應有所下降。
然而，這一邏輯和疫苗企業現實境況形成反差。目前，中國疫苗企業的日子并不好過，與發達國家相比自費疫苗接種率長期在低位徘徊，產品同質化引發的價格戰愈演愈烈——2025年，一支流感疫苗的中標價，甚至比不過一杯奶茶。
價格戰的慘烈程度直接反映在財務上：萬泰生物、百克生物、智飛生物等頭部企業業績紛紛“變臉”，陷入虧損。如果此時增值稅優惠政策退出，行業寒冬可能進一步加劇。
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